12世纪以后，罗马法的胜利使欧洲大陆的实体法和包括证据法在内的程序法都发生了巨大的变化。欧洲大陆人经历了自12铜表法和查士丁尼安法典以来一千多年的彷徨和探索，终于摆脱了非理性的司法证明方式。国家官员已经成为刑事案件中主动的追诉人和审判者。他们经常通过自己的主动调查去发现证据并证明案件事实。西罗马帝国灭亡之后，这一审判方式由天主教会的法律继承下来，尽管有些教会法保留了宣誓的做法，而且在有些情况下仍然采用“神明考验”，但那一般仅作为理性证明的补充性检验手段。

那个曾经在1215年宣布了“神明裁判”法“死刑”的天主教拉特兰大教会竭力在欧洲推广罗马人的司法调查制度，即人们常说的“纠问式”诉讼制度。在那以后的几个世纪内，“纠问式”诉讼制度不仅适用于教会法院，而且适用于欧洲大陆许多国家的普通法院。到了16世纪，这种诉讼制度已经在法国、德国和意大利等国家得到了完全的确立。在“纠问式”诉讼制度的框架下，欧洲大陆国家的证据法沿着自己的道路发展起来，并逐渐形成了独特的理性司法证明方式。
（一）“纠问式”诉讼制度下的案件调查方式

“纠问式”诉讼制度下的案件事实认定是通过司法官员的理性证明来实现的。证明过程包括两个阶段：其一是预审；其二是审判。在这两个阶段中，起决定性作用的灵魂人物都是负责案件调查司法官。

在预审阶段，司法官要对指控犯罪的情况和嫌疑人进行调查。预审有几个突出的特征：其一是秘密性，司法官对犯罪场所、证人和被指控人的调查都不受任何外界的监督；其二是无限性，司法官的调查权力包罗万象而且有绝对的自由裁量权，几乎没有任何东西可以超出其调查权力的范围；其三，预审调查的核心内容是对被指控者的审讯，而且这审讯过程同样具有秘密性和无限性的特征。换言之，审讯是秘密进行的，司法官对审讯的问题有绝对的自由决定权。更为重要的是被指控者在审讯时根本不知道指控他的证据是什么。审讯结束之后，司法官才向他出示证据，宣读有关人员的指控证言。被指控者在接受审讯和调查的过程中当然也没有会见律师和接受法律援助的权利。

预审司法官收集的书面案卷材料，包括证人的书面证词，不仅是审判时起诉的依据，而且是法官进行审判的依据。在法庭上，法官先听取检察官基于预审案卷材料提出的起诉意见，然后依据案卷材料对被告人进行最后的审讯，没有任何证人出庭作证便做出判决。由此可见，当时根本没有现代意义上的审判。
（二）缺少制约机制的司法证明方式

诚然，“纠问式”诉讼制度下的调查和审判是一种理性的司法证明方式，但是其优于非理性证明方式的特点并不能掩盖其缺少制约机制的缺点。由于缺乏有效的制约，其审判结果就和“神明裁判”结果一样具有不确定性了。从收集证据和评断证据的角度来说，这种制度的缺陷主要表现在两个方面：
1.收集证据片面武断

众所周知，单方的片面调查往往不能准确地揭示全部事实真相，所以证据制度应该为单方调查提供相应的制约机制。但是在“纠问式”诉讼制度下，被指控者在面对积极主动而且经验丰富的预审法官时始终处于被动甚至莫名其妙的处境。他被关在监狱里面，而且根本无法得到律师的帮助。诚然，他可以向预审法官提出他的证人，但是否询问该证人和如何询问该证人则完全取决于预审法官的意愿乃至心情。此外，被指控者直到对方已经把起诉都准备好之后，才有机会得知指控自己的依据是什么。换言之，指控方从一开始就知道手中的牌是什么，而被指控者在整个过程中有可能都不知道玩的是什么游戏。
2．审查证据徒有虚名

由于“纠问式”制度下的审判完全建立在预审法官制作的案卷材料基础之上，审判法官不再对证人进行重新审查，所以这种审判对预审法官收集的证据没有实质意义上的审查。被告人有罪或无罪的判决很可能依赖于一些并不可靠的证言。在当时的司法实践中，法官根据传闻证言或者对被告人与本案无关之经历的带有强烈偏见的陈述，以及没有经过对方质证的主观断言性证词等，就对被告人做出有罪判决的情况屡见不鲜。